Về ngoại hình, MT-09 Y-AMT không khác gì so với phiên bản trước. Sự khác biệt rõ nhất là phiên bản Y-AMT không có tay côn và cần số.
MT-09 Y-AMT có hai mô-tơ điện nhỏ, được đặt ngay phía sau động cơ và được bảo vệ bởi những miếng ốp ở cả hai bên.
Mô-tơ bên phải kiểm soát ly hợp, trong khi mô-tơ bên trái thực hiện việc chuyển số.
Dù việc chuyển số được thực hiện tự động nhưng nếu thích, người chạy vẫn có thể chuyển số bằng tay. Lý do vì bộ chuyển số được kiểm soát điện tử. Yamaha có thể thay thế cần số dùng chân bằng nút bấm trên ghi đông trái.
Công tắc này có thiết kế dạng bập bênh, với một nút phía trước có dấu cộng và một nút phía sau có dấu trừ. Bấm dấu cộng nghĩa là lên số, bấm dấu trừ là xuống số. Thiết kế dạng bập bênh này có nghĩa là người lái có thể dùng ngón trỏ và ngón cái để chuyển số. Hoặc nếu thích thì chỉ dùng ngón trỏ.
Yamaha cho biết, chuyển số bằng tay nhanh hơn và cần ít sự tập trung hơn so với việc chuyển số bằng bàn chân, cho phép người lái chú ý vào việc kiểm soát ga và phanh, góc nghiêng, vị trí cơ thể và độ bám của lốp.
Như dữ liệu đăng kiểm tại Úc cho thấy, so với bản thường, MT-09 Y-AMT chỉ nặng hơn 3kg. Phần còn lại của chiếc xe không khác gì MT-09 thường. Hiện Yamaha chưa công bố giá bán của chiếc xe này.
